Penggalak
Dalam genetik, penggalak ialah jujukan asid deoksiribonukleik (DNA) yang dicantum oleh protein bagi memulakan proses transkripsi terhadap transkrip asid ribonukleik (RNA) tunggal daripada DNA pada bahagian hilir penggalak. Transkrip DNA boleh mengekod protein (iaitu asid ribonukleik pengutus, mRNA), atau boleh mempunyai peranan tersendiri seperti asid ribonukleik ribosom (rRNA) dan asid ribonukleik pemindah (tRNA). Penggalak terletak berhampiran pada tapak permulaan transkripsi gen iaitu pada bahagian hulu DNA (menghampiri kawasan 5' dalam bebenang bermakna). Penggalak boleh mempunyai panjang kira-kira 100 hingga 1000 pasangan bes, jujukan yang terbentuk adalah bergantung kepada gen dan hasil transkripsi, jenis atau kelas RNA polimerase yang bertangungjawab ke atas tapak tersebut, dan spesies organisma.[1][2]
Unsur-unsur
[sunting | sunting sumber]Dalam bakteria
[sunting | sunting sumber]Dalam bakteria, penggalak mengandungi dua unsur jujukan yang pendek iaitu kira-kira 10 (Kotak Pribnow) dan 35 nukleotida di hulu dari tapak permulaan bagi transkripsi.[2]
- Jujukan pada -10 (elemen -10) mempunyai jujukan konsensus TATAAT.
- Jujukan pada -35 (elemen -35) mempunyai jujukan konsensus TTGACA.
- Jujukan konsensus pada bahagian atas walaupun disimpan secara purata, ia tidak ditemui dalam keadaan utuh di kebanyakan penggalak. Secara purata, hanya 3 hingga 4 daripada 6 pasangan bes dalam setiap jujukan konsensus ditemui dalam mana-mana penggalak yang diberikan. Beberapa penggalak semula jadi telah dikenal pasti setakat ini yang mempunyai jujukan konsensus yang utuh pada kedua-dua bahagian -10 dan -35; manakala penggalak tiruan dengan penyimpanan lengkap elemen -10 dan -35 telah didapati telah mentranskripsi pada frekuensi yang lebih rendah berbanding dengan yang mempunyai beberapa ketidakpadanan dengan konsensus.
- Jarak optimum antara jujukan -35 dan -10 ialah 17 bp. Jujukan penjarak mempengaruhi kekuatan penggalak sehingga 600 kali ganda.
- Sesetengah penggalak mengandungi satu atau lebih subtapak unsur penggalak huluan iaitu elemen UP (urutan konsensus 5'-AAAAAAARNR-3' apabila berpusat di kawasan -42; urutan konsensus 5'-AWWWWWTTTTT-3' apabila berpusat di kawasan -52; W = A atau T; R = A atau G; N = sebarang bes).[3][4]
- Tapak permulaan transkripsi mempunyai urutan konsensus YRY.[5]
Urutan penggalak pada bahagian atas hanya dikenali oleh holoenzim RNA polimerase yang mengandungi sigma-70. Holoenzim RNA polimerase yang mengandungi faktor sigma lain daapt mengenali urutan penggalak teras yang berbeza.
← hulu hilir →
5'-XXXXXXXPPPPPPXXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3'
-35 -10 Gen untuk ditranskripsikan
Rujukan
[sunting | sunting sumber]- ^ Sharan R (4 January 2007). "Analysis of Biological Networks: Transcriptional Networks – Promoter Sequence Analysis" (PDF). Tel Aviv University. Dicapai pada 30 December 2012.
- ^ a b LaFleur TL, Hossain A, Salis HM (September 2022). "Automated model-predictive design of synthetic promoters to control transcriptional profiles in bacteria". Nature Communications. 13 (1). Bibcode:2022NatCo..13.5159L. doi:10.1038/s41467-022-32829-5.
- ^ Ross W, Gosink KK, Salomon J, Igarashi K, Zou C, Ishihama A, dll. (November 1993). "A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA polymerase". Science. 262 (5138): 1407–1413. Bibcode:1993Sci...262.1407R. doi:10.1126/science.8248780. PMID 8248780.
- ^ Estrem ST, Ross W, Gaal T, Chen ZW, Niu W, Ebright RH, Gourse RL (August 1999). "Bacterial promoter architecture: subsite structure of UP elements and interactions with the carboxy-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit". Genes & Development. 13 (16): 2134–2147. doi:10.1101/gad.13.16.2134. PMC 316962. PMID 10465790.
- ^ Kuo, Syue-Ting; Chang, Joshua Kevin; Chang, Clara; Shen, Wei-Yi; Hsu, Christine; Lai, Sheng-Wen; Chou, Hsin-Hung David (2025-01-01). "Unravel the start element and promoter architecture across the domain Bacteria". bioRxiv: 2025–01.23.634641. doi:10.1101/2025.01.23.634641.