Peringkat kalah mati Liga Juara-Juara Dua AFC 2024–25 akan berlangsung dari 11 Februari hingga 17 Mei 2025.[1] Sebanyak 16 pasukan bersaing di peringkat kalah mati.[2]
Di peringkat kalah mati, 16 pasukan akan bermain kejohanan penyingkiran tunggal. Setiap perlawanan akan dimainkan secara timbal balik di tempat sendiri dan tempat lawan, kecuali perlawanan akhir yang akan dimainkan sebagai satu perlawanan. Masa tambahan dan penentuan sepakan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika perlu (Peraturan Perkara 10). Susunan perlawanan (tempat sendiri lwn tempat lawan) ditentukan semasa undian, kecuali perlawanan akhir. Perlawanan akhir telah ditentukan secara bergilir-gilir, dengan perlawanan akan diberikan hak tuan rumah kepada pasukan dari Wilayah Timur. Undian untuk peringkat kalah mati akan diadakan pada 12 Disember 2024.
Pada perlawanan akhir, pemenang separuh akhir dari Wilayah Barat dan Wilayah Timur akan bermain sesama sendiri, dengan pasukan tuan rumah (dari Wilayah Timur) bergilir-gilir daripada perlawanan akhir musim sebelumnya.