Pilihan raya Presiden Uganda 2001 diadakan di Uganda pada 12 Mac 2001. Penyandang jawatan Yoweri Museveni memenangi 69% undi dan terpilih untuk penggal kedua.[1] Semua calon lawan adalah bebas, kerana parti politik dilarang ketika itu. Jumlah pengundi adalah sebanyak 70.3%.
Yoweri Museveni mencalonkan dirinya untuk penggal kedua pada 2001. Beliau mengambil alih kuasa pada 1986 setelah memenangi perang gerila menentang Presiden Tito Okello. Saingan utama Museveni adalah pesaing empat kali Kizza Besigye, yang merupakan doktor peribadi Museveni dan pegawai tentera yang memutuskan hubungan dengan parti pemerintah NRM pada 2001.[2]
Besigye tidak mengaku kalah dalam pilihan raya itu tetapi meminta penghitungan undi secara rasmi berdasarkan penipuan undi. Museveni juga mendakwa bahawa terdapat "penipuan" undi, walaupun memihak Besigye; beliau juga menyatakan bahawa beliau seharusnya memenangi 75% undi sebagai gantinya. Election Monitoring Group (Kumpulan Pemantau Pilihan Raya) yang bebas mendapati penipuan pengundi adalah minimum.[2][3] Pada hari yang sama setelah keputusan diumumkan, bom paip meletup di pusat bandar Kampala, membunuh seorang wanita; letupan serupa juga berlaku di sebuah bas mini yang menuju ke ibu negara, mencederakan tiga orang. Namun, tidak jelas apakah letupan itu berkaitan dengan pilihan raya Presiden.[2] Dalam keputusan majoriti, Mahkamah Agung Uganda kemudian menolak permohonan Besigye untuk petisyen penghitungan semula undi.[4][5] Tidak lama selepas terpilih untuk penggal kedua sebagai Presiden, Museveni berjanji untuk mengundurkan diri sebelum pilihan raya berikutnya tetapi kemudiannya mengundurkan janjinya.[6]
